金发晶的主要矿物成分是氧化钛、黑色电气石、金红石、阳起石等，且包含不同矿物的发晶就会产生不同的颜色，其颜色是由于里面带有黄色发丝状的包裹物所致;而黄水晶的成分是二氧化硅，属于单色品种。

1、成分不同

金发晶的主要矿物成分是氧化钛、黑色电气石、金红石、阳起石等，且包含不同矿物的发晶就会产生不同的颜色，而黄水晶的成分是二氧化硅，由于在形成的过程中混入不同的矿物而呈现不同的颜色。

2、颜色不同

金发晶和黄水晶的颜色也是不同的，金发晶的颜色主要是由于里面带有黄色发丝状的包裹物所致，分布不均匀，看起来比较细腻，而黄水晶的颜色是单色的，内部通透，并不是由内部的包裹物所致。

3、结构不同

金发晶的质地温润，整体的透明度很高，里面含有金黄色的针状包含物，杂质比较少，内部通透，属于发晶中的精品，而黄水晶的透明度要差一些，内部有较细的晶体颗粒结构，很少会有包裹物。