成分不同，南红的主要成分是二氧化硅，朱砂的主要成分是硫化汞；硬度不同，南红硬度为6.5-7，朱砂硬度为2-2.5；颜色不同，南红大多为正红色，朱砂为深红色；产地不同，南红产自南疆，朱砂产自贵州；外观不同，南红质地温润，朱砂表面带有白色颗粒。

1、成分不同

南红是属于玛瑙的一种，南红的主要成分是水和二氧化硅，质地比较坚硬。朱砂是一种硫化物，主要成分是硫化汞，质地较为柔软。两者的成分不同，所以两者的密度，硬度，颜色上也不同。

2、硬度不同

南红玛瑙的莫氏硬度在6.5--7之间，硬度较为中等，比较坚硬。而朱砂矿石的莫氏硬度在2--2.5之间，硬度较小，即便是被特殊工艺压制而成的紫金砂，硬度也比南红玛瑙的硬度更低一些，所以如果是饰品的话，南红玛瑙会比朱砂好一些。

3、颜色不同

南红的颜色偏向于正红色，大多数南红玛瑙的颜色趋近于玫瑰红，柿子红，锦红色，颜色更加浓郁鲜艳，色泽也比较均匀透亮。朱砂矿石的红色偏暗，经常呈现出深红色。

4、产地不同

南红因早起产自中国南疆而得名，南疆指云南，四川南部，青海，甘肃等地区;而朱砂主要产自中国贵州省东部同仁地区，两者的产地不同，所以外观也会不同。

5、外观不同

南红和朱砂的外观不同。南红的红色比较内敛，质地温润，带有玉质感。朱砂颜色鲜艳，手感不如南红细腻，并且使用朱砂矿石压制的紫金砂表面会带有星星点点的白色的颗粒物。